Qiagen AllprepFFPE DNA/RNA Kit(50)試劑盒 分子生物試劑
Qiagen AllprepFFPE DNA/RNA Kit(50)試劑盒
如要對基因組學(xué)和轉錄組學(xué)數據進(jìn)行可靠比較，則需從同一樣本中純化DNA和RNA。AllPrep DNA/RNA FFPE Kit使用的溶解方法，從福爾馬林固定、石蠟包埋的組織樣本中純化DNA和RNA。純化產(chǎn)物適用于real-time PCR和焦磷酸測序等應用。
從FFPE樣本中純化DNA和RNA。
[A] 從多個(gè)大鼠FFPE組織樣本中純化基因組DNA并儲存于室溫。使用AllPrep DNA/RNA FFPE Kit或QIAamp DNA FFPE Tissue Kit（專(zhuān)用于從FFPE樣本中純化DNA的試劑盒，作為對照）進(jìn)行純化，兩種試劑盒都含有RNase消化試劑。采用吸光度測定方法檢測每個(gè)20 μm組織切片的DNA產(chǎn)量。[B] 從多個(gè)大鼠FFPE組織樣本中純化RNA并儲存于室溫。使用AllPrep DNA/RNA FFPE Kit或RNeasy FFPE Tissue Kit（專(zhuān)用于從FFPE樣本中純化DNA的試劑盒，作為對照）進(jìn)行純化。采用吸光度測定方法檢測每個(gè)10 μm組織切片的RNA產(chǎn)量。從FFPE組織中純化DNA或RNA時(shí)，AllPrep Kit的表現與專(zhuān)用的純化試劑盒表現相當。
對預擴增的cDNA進(jìn)行芯片分析。
使用AllPrep DNA/RNA FFPE Kit從人類(lèi)乳腺FFPE組織中純化總RNA。然后使用RT2 FFPE PreAMP技術(shù)進(jìn)行逆轉錄。使用Human Cell Cycle RT2 Profiler PCR Array，通過(guò)real-time PCR進(jìn)行基因表達分析，將腫瘤樣本與非腫瘤樣本進(jìn)行對比。ΔΔCT分析顯示：腫瘤樣本中的基因表達與非腫瘤樣本的基因表達存在x倍的差異。
對FFPE樣本中的DNA和RNA進(jìn)行可靠擴增。
使用AllPrep DNA/RNA FFPE Kit或專(zhuān)用于從FFPE樣本中純化DNA或RNA的試劑盒（QIAamp DNA FFPE Tissue Kit 或RNeasy FFPE Kit，作為對照）從大鼠FFPE組織中純化獲得[A] DNA 和[B]、[C] RNA。在A(yíng)BI PRISM 7900HT Sequence Detection System上，使用[A] QuantiTect SYBR® Green PCR Kit對78 bp的Prnp基因擴增子進(jìn)行Real-time PCR分析，或是用[B]、[C] QuantiTect SYBR® Green RT-PCR Kit對Jun原癌基因表達進(jìn)行real-time RT-PCR分析。AllPrep Kit和另外兩個(gè)專(zhuān)用試劑盒的CT值相當，表明三種試劑盒純化DNA或RNA的效率相當。[C] 此外，在沒(méi)有逆轉錄酶（–RT）的條件下分析了Jun基因的表達。脾臟是富含DNA的組織，其擴增曲線(xiàn)平坦，說(shuō)明純化的RNA中不含基因組DNA。
AllPrep DNARNA FFPE樣本純化步驟。
Qiagen AllprepFFPE DNA/RNA Kit(50)試劑盒
AllPrep DNA/RNA FFPE Kit專(zhuān)為從FFPE樣本中同時(shí)純化基因組DNA和總RNA而設計。該試劑盒可使用同一樣本純化DNA和RNA，而非像其他純化方法那樣，需將樣本分為兩份再分別進(jìn)行純化操作。如將樣本分為兩份分別純化DNA和RNA，其純化出的DNA和RNA來(lái)自不同的細胞群落，可能具有不同性質(zhì)特征。從同一樣本中同時(shí)純化DNA和RNA可減少浪費，因為FFPE樣本是十分珍貴的樣本，通常很難恢復且樣本量少。
由于固定和包埋，FFPE樣本中的核酸通常都嚴重片段化，核酸的分子量通常小于從新鮮或冷凍樣本中分離出的核酸的分子量。從同一FFPE樣本中分離DNA和RNA面臨著(zhù)很大困難：片段化的DNA長(cháng)度短，且部分是單鏈結構；因此其更像RNA，而非完整的DNA。片段化DNA這一特性使得用物理方法分離DNA和RNA十分困難。AllPrep DNA/RNA FFPE Kit使用的溶解方法，從同一個(gè)FFPE樣本中分別釋放DNA和RNA。
盡管標準的質(zhì)量控制分析（如凝膠電泳或芯片分析方法）無(wú)法檢測到甲醛的化學(xué)修飾，但其對酶分析有嚴重干擾。AllPrep DNA/RNA FFPE Kit已經(jīng)過(guò)優(yōu)化，可zui大程度上逆轉甲醛化學(xué)修飾，而不引起DNA和RNA的進(jìn)一步降解。
盡管AllPrep DNA/RNA FFPE Kit已經(jīng)過(guò)優(yōu)化，可zui大程度上逆轉福爾馬林化學(xué)修飾，而不引起DNA和RNA的進(jìn)一步降解；但從FFPE樣本中純化獲得的核酸不應該用于需要大分子量DNA或完整長(cháng)度RNA的下游應用。一些應用可能需要進(jìn)行化學(xué)修飾后，再使用片段化核酸（如：設計PCR和RT-PCR的小擴增子）。在cDNA合成中，應使用基因特異性引物，而非oligo-dT引物。如果無(wú)法使用基因特異性引物，則可使用任意引物。
特點(diǎn) | 參數 |
| Applications | PCR, qPCR, real-time RT-PCR, microarray |
| Elution volume | RNA: 14-30µl ; DNA: 30-100µl |
| Format | Spin column |
| Main sample type | FFPE tissue samples |
| Number of preps per run | 50 |
| Processing | Manual (centrifugation) |
| Purification of total RNA, miRNA, poly A+ mRNA, DNA or protein | RNA (miRNA) and DNA |
| Sample amount | max. 4*10 µm sections or 2*20 µm sections |
| Technology | Silica technology |
| Time per run or per prep | 6h for 10 samples, including sectioning |
| Yield | Varies |
© 2019 上海力敏實(shí)業(yè)有限公司 版權所有 備案號：滬ICP備12020044號-1 技術(shù)支持：環(huán)保在線(xiàn) GoogleSitemap 總訪(fǎng)問(wèn)量：844337 管理登陸
