凱杰試劑盒REPLI-g Single Cell Kit (24) 分子生物試劑
凱杰試劑盒REPLI-g Single Cell Kit (24)
Performance
覆蓋基因組所有位點(diǎn),十分適用于二代測序和其他下游應用
REPLI-g Single Cell Kit擴增的DNA平均長(cháng)度大于10 kb,并且覆蓋所有基因組位點(diǎn)。該產(chǎn)品已經(jīng)過(guò)驗證,適用于二代測序、基于芯片技術(shù)的比較基因組雜交(aCGH)和real-time PCR應用等多種下游分析。使用該產(chǎn)品無(wú)需單獨進(jìn)行PCR擴增,減少了手動(dòng)操作,獲得的產(chǎn)物長(cháng)度PCR方法更長(cháng)(參見(jiàn)"Next-generation sequencing using REPLI-g amplified DNA requires less hands-on time and generates more sequence information than PCR-based methods")。用擴增產(chǎn)物進(jìn)行二代測序,獲得高品質(zhì)結果。這表明該試劑盒的位點(diǎn)覆蓋率大,錯配率低,其擴增的DNA(甚至從單一細菌細胞中擴增的DNA)能夠與純化獲得的基因組DNA相媲美(參見(jiàn)"Comparable NGS results")。另有研究對人類(lèi)常染色體和X染色體上的多個(gè)標記物進(jìn)行了分析,三個(gè)獨立的實(shí)驗均顯示:基因組的所有位點(diǎn)被成功擴增,沒(méi)有遺漏任何一個(gè)位點(diǎn)(參見(jiàn)"Complete genome coverage")。
REPLI-g Single Cell Kit的表現優(yōu)于其他供應商的試劑盒
其他供應商的試劑盒基于PCR技術(shù)進(jìn)行全基因組擴增,獲得的產(chǎn)物片段較短,帶有PCR引物序列,可能影響下游應用?;赑CR的全基因組擴增容易出現錯誤,會(huì )導致堿基對突變、STR的減少或增多,使用低保真Taq DNA聚合酶會(huì )導致位點(diǎn)缺失。相反,REPLI-g Single Cell Kit能夠進(jìn)行高度均一的全基因組擴增,位點(diǎn)偏差小。對四個(gè)試劑盒進(jìn)行了檢測,其中兩個(gè)利用多重置換擴增技術(shù)(包括REPLI-g Single Cell Kit),另外兩個(gè)利用PCR技術(shù)。采用單一細胞擴增實(shí)驗方案對所有試劑盒進(jìn)行序列位點(diǎn)檢測。除REPLI-g Single Cell Kit外的其他供應商的試劑盒都出現了位點(diǎn)的遺漏(參見(jiàn)"Unbiased DNA amplification from a single cell")。
凱杰試劑盒REPLI-g Single Cell Kit (24)
Principle
REPLI-g Single Cell Kit含有REPLI-g sc Polymerase,這是一種優(yōu)化的新型高保真Phi 29聚合酶。該試劑盒采用多重置換擴增技術(shù)擴增復雜的基因組DNA,溫和的堿孵育能夠避免DNA片段化,促進(jìn)對所有位點(diǎn)的無(wú)偏差擴增。該試劑盒十分適用于分離的腫瘤細胞或細菌細胞等單一細胞,能夠擴增獲得高產(chǎn)量DNA(參見(jiàn)表1)。此外,該試劑盒還配有專(zhuān)用于鮮血或干血、新鮮或冷凍組織的實(shí)驗方案,可用于多種研究樣本。常規DNA產(chǎn)量可達40 µg,對模板的起始量要求低,因此進(jìn)行后續遺傳分析時(shí)無(wú)需檢測DNA濃度。REPLI-g Single Cell Kit的擴增產(chǎn)物平均長(cháng)度超過(guò)10 kb,且覆蓋所有位點(diǎn),適合于多種應用,包括二代測序、基于芯片技術(shù)的比較基因組雜交、焦磷酸測序和real-time PCR分析(參見(jiàn)表2)。
應用 | 儀器 |
---|---|
全基因組測序 | 二代測序平臺? |
外顯子組測序 | |
SNP基因分型芯片 | 芯片平臺? |
Array CGH | |
qPCR/PCR技術(shù) | Real-time PCR/PCR儀? |
Sanger測序 | 毛細管測序儀? |
焦磷酸測序 | PyroMark (QIAGEN) |
擴增原理
REPLI-g Single Cell Kit采用等溫基因組擴增技術(shù),即多重置換擴增(MDA)。六聚體與變性DNA隨機結合,然后在等溫條件下,在優(yōu)化的Phi 29聚合酶作用下,發(fā)生鏈置換合成反應。每個(gè)置換后的單鏈作為模板,與引物結合,可擴增獲得高產(chǎn)量DNA(參見(jiàn)"Multiple Displacement Amplification (MDA) technology")。Phi 29聚合酶為噬菌體衍生酶,具有3'→5'引物外切酶活性(校正活性),其保真性是Taq DNA聚合酶的1000倍。Phi 29聚合酶在優(yōu)化的REPLI-g Single Cell緩沖液體系中,能夠輕松的打開(kāi)發(fā)卡結構等二級結構,因此可促進(jìn)擴增時(shí)聚合酶正常工作??蓴U增獲得長(cháng)達100 kb的DNA片段(參見(jiàn)"Unbiased amplification with Phi 29 polymerase")。
細胞裂解和DNA的堿變性
基因組DNA在用于酶促擴增反應前必須經(jīng)過(guò)變性,而這一變性過(guò)程通常使用高溫或高pH值(強堿)孵育。REPLI-g Single Cell Kit采用溫和的堿孵育,在細胞裂解、DNA變性的同時(shí),確保DNA片段化程度小,不產(chǎn)生堿基突變。因此擴增獲得的DNA完整度高,產(chǎn)物長(cháng)度長(cháng),覆蓋位點(diǎn)多(參見(jiàn)"Effect of heat and alkaline denaturation on loci representation")。
高效去除可檢測到的DNA污染
REPLI-g Single Cell Kit中的所有組分都經(jīng)過(guò)了dute的去污染流程,避免擴增產(chǎn)物被污染。在標準化流程中,對緩沖液和試劑進(jìn)行紫外線(xiàn)照射,確保其不會(huì )污染DNA(參見(jiàn)"Innovative decontamination procedure")。紫外線(xiàn)照射后,對試劑盒的所有組分進(jìn)行嚴格的質(zhì)量控制,確保其性能。
Procedure
簡(jiǎn)單的單管操作
REPLI-g Single Cell Kit可對單一細胞或有限的樣本進(jìn)行簡(jiǎn)便、可靠、準確的全基因組擴增。反應體系構建十分便利、可靠,僅需15分鐘左右的手動(dòng)操作(參見(jiàn)"REPLI-g Single Cell Kit procedure")。專(zhuān)用的緩沖液和試劑可對單一細胞、有限的組織材料、或純化的DNA進(jìn)行擴增,產(chǎn)量高、位點(diǎn)覆蓋率大(參見(jiàn)表3)。REPLI-g技術(shù)擴增獲得的DNA可在–20°C長(cháng)期儲存(參見(jiàn)"Consistent long-term stability")。請參見(jiàn)表4,了解REPLI-g產(chǎn)品線(xiàn)的更多信息。
試劑盒成分 | 優(yōu)勢 |
---|---|
REPLI-g sc Polymerase | 最長(cháng)可達70 kb的長(cháng)片段 |
保真性是Taq聚合酶的1000倍 | |
覆蓋所有位點(diǎn) | |
均一擴增所有位點(diǎn) | |
REPLI-g sc Reaction Buffer? | 對所有位點(diǎn)進(jìn)行無(wú)偏差的擴增 |
Buffer DLB (裂解和變性) | 高效擴增 |
不損傷DNA | |
紫外線(xiàn)照射去除污染 | 減少可檢測到的殘留DNA污染 |
REPLI-g Single Cell | REPLI-g Mini | REPLI-g UltraFast Mini | REPLI-g Midi | REPLI-g Screening | REPLI-g FFPE | REPLI-g Mitochondrial DNA | |
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起始材料 | 單一細胞、gDNA | 純化的基因組DNA、血液、細胞 | 純化的基因組DNA、血液、細胞 | FFPE組織、FFPE組織中純化的基因組DNA | 純化的基因組DNA | ||
另外提供其他起始材料的實(shí)驗方案 | |||||||
起始量 | 單一細胞、2–1000各細胞、組織、純化的gDNA (1–10 ng) | >10 ng gDNA、0.5 µl血液或細胞(>600個(gè)細胞/µl) | >10 ng gDNA、0.5 µl血液或細胞(>600個(gè)細胞/µl) | 組織切片(直徑1 cm,厚度10–40 µm);>100 ng gDNA | >1 ng純化的gDNA | ||
產(chǎn)量(µg/反應) | 40 | 10 | 7–10 | 40 | 8 | 標準產(chǎn)量:≤10; 高產(chǎn)量:≤40 | 3–5 |
反應時(shí)間 | 8–16小時(shí) | 10–16 小時(shí) | 1.5小時(shí) | 8–16小時(shí) | 12–16小時(shí) | 標準產(chǎn)量:4小時(shí);高產(chǎn)量:10小時(shí) | 8小時(shí) |
手動(dòng)操作時(shí)間 | 15分鐘 | 15分鐘 | 15分鐘 | 15分鐘 | 15分鐘 | 40分鐘 | 15分鐘 |
規格 | 反應管 | 反應管 | 反應管 | 反應管 | 孔板 |
Applications
二代測序
采用TaqMan引物/探針對進(jìn)行的SNP基因分型
基于qPCR和PCR的突變檢測
STR/微衛星分析
Sanger測序
焦磷酸測序
aCGH等芯片技術(shù)